آب  مورد  نياز كارخانه توسط تلمبه خانه از  رودخانه شفارود  در 2  كيلومتري كارخانه  به محل تصفيه آب انتقال مي‌يابد. اين تلمبه خانه شامل دو پمپ برقي اصلي و يك پمپ عمودي ديزلي  و  دو پمپ برقي  به صورت يدكي است كه هر كدام  به تنهايي قادر هستند  30  متر مكعب  در دقيقه آب  جهت  مصارف  مختلف كارخانه را تأمين نمايد.  كارخانه  داراي  سيستم  تصفيه  اوليه  يعني  تهيه  آب خام  و تصفيه  ثانويه  يعني  آب صنعتي  براي مصرف در ديگ ‌هاي بخار بوده كه ظرفيت نرمال آن   756  ليتر در دقيقه است.

 فاضلاب كارخانه شامل چهار بخش مي‌باشد:

ـ فاضلاب قليايي
ـ ضايعات و پس آب حاصل از بازسازي رزين‌هاي آنيوني و كاتيوني
ـ فاضلاب الياف‌دار
ـ فاضلاب اماكن (دفتري) كه پس از تصفيه‌هاي لازم وارد رود‌خانه نوكنده مي‌گردد.

حجم كلاريفاير فاضلاب 6500 متر مكعب و مدت توقف آب فاضلاب در حوضچه‌ها 21/5 روز مي‌باشد.